2021-09-29-motif-homer分析
2021-09-29 本文已影响0人
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软件安装
conda install -c bioconda homer
下载configureHomer链接
安装参考基因组
perl configureHomer.pl -install hg19
export PATH=$HOME/software/homer/bin/:$PATH # 最好写到.bashrc里
如何把命令写到全局里面
参考
把某个路径下的命令写到全局变量中。
PATH=$PATH:/some/directory
其它data
perl $HOME/software/homer/configureHomer.pl -list # 列出可供下载的数据包，按需下载
perl $HOME/software/homer/configureHomer.pl -install mouse
perl $HOME/software/homer/configureHomer.pl -install mm8
perl $HOME/software/homer/configureHomer.pl -install hg19 # 我只需要人类的数据
perl $HOME/software/homer/configureHomer.pl -install human-p # 人类启动子数据
构建bed文件
运行homer
findMotifsGenome.pl difRNA.bed hg19 out
