这真是危险的关系，明明你错了，但是她认了

初学者学习R语言，必经之路报错，但是比报错更狠的是，明明你错了，但是她也认了。让你作出可用的图，但是数据全不对。
这个地方最大的坑就是R语言中的因子。

先讲第一个坑

假设我们这里有一个因子

dd <- factor(rep(seq(126,129),3))
dd

因子不能计算，所以我现在的需求是把他转为数值，用的是as.numeric()函数

dd1 <- as.numeric(dd)
dd1

然后我们崩溃了，跟想象中的完全不一样啊。
实际上此时as.numeric()函数把factor变成了因子的水平了
那怎么办呢？

因子转数值，必须先转为字符串，再转为数值

dd2 <- as.numeric(as.character(dd))
dd2

现在一切回归正常。
你犯了错，他不报错，但是有没有觉得很后怕呢？GEO芯如果数值都变成了因子，是不是感觉以前很有可能掉到坑里去了。别急，还有。

第二个坑

假设我们有一个数据框

set.seed(0625)
data <- data.frame(num1= sample(seq(1,500),26),
                   num2= sample(seq(1,500),26),
                   num3= sample(seq(1,500),26))
rownames(data) <- LETTERS
data <- data.frame(t(data))

这是一个数据框，R语言里面最常用的数据结构，列的名称是26个字母。

现在我想选择其中的几列，就使用列名去调取,分别是："U","P","Y","T","M"

genelist <- factor(c("U","P","Y","T","M"))

我们课上讲过，截取数据有三种方式，分别是位置，逻辑和名称，

我们手上的是名称，那么就很好办了，直接有什么用什么。

data1 <- data[,genelist]

预想的数据应该是这样的

如果简单作图应该是这样的：

但是，实际情况是这样的！

简单作图后肯定是不一样的：

问题很严重对吧，他居然选择了完全不一样的列！

为什么呢？

还不是因子惹出来的货！
我们看一下，genelist的属性

这几个字母是因子，而因子是不能用来作为名称获取数据框的列的。

但你非要硬上, R语言默许了你的行为，并尝试去理解你的意图，最终选择先帮你转为数值再来获取，结果就是你俩触犯天条被二郎神追杀。

整个过程就变成了这样：

data2 <- data[,as.numeric(genelist)]

如何获取正确的结果？

第一，解决当下的困境，先把因子转为字符串

data3 <- data[,as.character(genelist)]

第二，防患未然，从源头上解决
发生这种情况大概率是你把基因列表先写成了txt文件，然后没有添加stringsAsFactors = F这个参数就读取进来了。
记得添加这个参数，或者使用data.table::fread()来智能无参数读取文件。

也可以在每次所有操作之前，运行一下这个语句,全局限定。

options(stringsAsFactors = F)

第三，习惯成自然，出图前，不要把数据读来读去
用save函数把所有的中间文件保存为.Rdata格式，使用的时候load进来就可以了。
你从来没有把做好的PPT保存为word吧？那么为什么喜欢把R语言里面的数据保存为其他格式呢？
好了，我是果子，我们明天见。