cMAP新版clue的使用——Data Library
之前在Connectivity Map(cMap)的探索应用（二）中提到了两种cmap在线分析网站，一个是build2 ；另一个是CLUE平台。bulid2在cMAP在线分析——旧版build2的使用 那期已经讲解过，今天就来简单介绍下CLUE平台的使用！由于CLUE平台的功能很多，会分多期讲解。上一期cMAP新版clue的使用——Touchstone已经简单介绍了Touchstone的操作方法，今天开始 Data Library的介绍！
cMAP新版clue在线分析 ，网站：https://clue.io/。
clue的主工具区（Tools）
今天主要介绍Data Library，该工具主要用于探索分析各个数据库。
- 首先点击Tools—Data Library，进入如下界面，网站截至目前共收录11个数据库，共计501237条信息。
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- 任选一个数据库进行探索，这里以" CRCGN_ABC" 为例，该数据库定位在致癌生物标志物，点击数据库名称，
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进入以下详情页面，界面主要分三块：1-CRCGN_ABC数据库的总概；2-Analysis in clue具体的分析工具；3-Supporting Files。
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一、数据库总概述
从这部分可以看到，CRCGN_ABC数据库涉及500个Perturbagens，4个细胞系，6种剂量，3个时间点，3个重复。具体情况可点击Data table查看，这里就展示了CRCGN_ABC数据库共计5996条表达谱信息。接下来，可以选择自己感兴趣的表达谱或者选择后创建list，然后点击Go to anaysis进一步分析，界面向下跳至analysis in clue部分。
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二、Analysis in CLUE
1-Touchstone connectivity
跳转至分析部分，第一个就是Touchstone connectivity，大家会发现上面选择的4条记录已经自动填充到"Choose a subset"区域，"Show summary results only"选择与否看自己需求，这里选上为节约时间。然后点击VIEW IN ICV就可以只管查看这四条表达谱记录与touchstone数据库中表达谱的相似性(加载时间很长)。
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2-Introspect analysis
还可以使用Introspect analysis查看ICV中的这些perturbagens如何相互连接（加载时间很长）。
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3-T-SNE
通过单击t-SNE，您可以查看数据集整体的空间结构，还可以按特定的字段进行颜色和大小自定义显示图。
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4-Transcriptional Activity Score (TAS)
通过该分析可以查看所有表达谱记录的TAS值，该值代表该记录是否被激活。一般情况下TAS值>0.2被认为被激活。可以对TAS设置阈值，标记出阈值范围内的记录。
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在t-SNE和TAS分析中，都可以将signature保存到列表中，以便以后进行调查。比如对TAS高的一组signature感兴趣，并且希望了解这些signature在Touchstone中与哪些扰动相关。首先套索工具选择这些signature，然后将它们保存到列表中。
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最后，回到Data table，点击齿轮按钮，然后选择"Lists"。选择相应list，又可以轮回上面的分析内容。
4-PCA
同t-SNE比较类似，通过单击PCA，可以查看数据集整体的空间结构，也可以按特定的字段进行颜色和大小自定义显示图。
三、Supporting Files
这部分是CRCGN_ABC数据库的下载链接，有需要下载需求的，可以自行下载。
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最后衍生
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Data Libray目前收录有多个数据库，如果这里面的数据库都不能满足分析需求。比如之前提到的：以CX3CR1+和CX3CR1-基因集为signature，60个单细胞表达谱为参考数据库，看CX3CR1+和CX3CR1-这组signature与60例单细胞数据的相似性，从而评估这些细胞的类型，哪些属于CX3CR1+，哪些属于CX3CR1-？要完成这项分析，如何构建60个细胞的参考数据库？
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经查询，CLUE平台也可以支持外来数据，具体方法见https://clue.io/connectopedia/data_library_manifest
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最后，使用过程中有疑问的话，可直接参考帮助网页：https://clue.io/connectopedia/
往期回顾
Connectivity Map(cMap)的探索应用（一）
Connectivity Map(cMap)的探索应用（二）
Connectivity Map(cMap)的探索应用（三）
今天的内容就到这里，更多内容可关注公共号“YJY技能修炼”~~~
