数据可视化 在线画图生物信息学

Qplottools015-柱形图BarPlot

2020-05-24  本文已影响0人  quan575

柱形图是最常见的图形,Excel画也很方便,但是一些调整细节还是挺繁琐的,这个工具的主要目的是便捷的调整柱形图。使用ggplot2包

整体界面

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准备数据:标准的丰度表格,也可以加分组用来分面画图。

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数据转换:可以把数据均一化到一百,也可以使用原始数据。

合并低丰度为Others:当变量比较多时,把低丰度变量加在一起。

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调整变量顺序:比如我们比较关注OTUy,把OTUy放到最小面,并按分组中大小排序。

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翻转坐标

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极坐标

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按变量分面,适合变量较少的情况,分面后可以直观展示各变量在每个样本中变化情况。

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当变量较少时,可以按变量和分组分面

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加上聚类,支持十几种距离和聚类方法,使用“vegan::vegdist和hclust”。聚类树可视化使用ggtree。

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修改柱子宽度

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图例位置调整,放到底部

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配色调整,各种杂志配色,使用ggsci。

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暂时能想到的功能就这些了,后面有需要再优化,欢迎小伙伴们提出建议。


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