导读

Canu可以组装PacBio或Nanopore三代测序数据。下面是Canu分任务处理PacBio数据的方法。

文章：Canu: scalable and accurate long-read assembly via adaptive k-mer weighting and repeat separation
杂志：Genome Res.
时间：2017
引用：[2019年] 1200+

官网：canu
GitHub：canu github

主要参数：

useGrid: Run under grid control (true), locally (false)
p: 前缀prefix
d: 目录directory
genomeSize: <number>[g|m|k]
pacbio-raw: 输入
pacbio-corrected：输入
nanopore-raw：输入
nanopore-corrected：输入

一、矫正：Correct

time canu useGrid=false -correct -p run1 -d canu_1 genomeSize=2.1m \
-pacbio-raw clean_data/1B.pacbio.fa  # 18 min

结果：

二、修剪：Trim

time canu useGrid=false -trim -p run1 -d canu_2 genomeSize=2.1m \
-pacbio-corrected canu_1/run1.correctedReads.fasta.gz  # 9 min

结果：

三、组装：Assembly

尝试不同的correctedErrorRate参数

The default is 0.045 for PacBio reads, and 0.144 for Nanopore reads

time canu useGrid=false -assemble -p run1 -d canu_3_erate-0.039 genomeSize=2.1m \
correctedErrorRate=0.039 \
-pacbio-corrected canu_2/run1.trimmedReads.fasta.gz  # 42 min

time canu useGrid=false -assemble -p run1 -d canu_3_erate-0.045 genomeSize=2.1m \
correctedErrorRate=0.045 \
-pacbio-corrected canu_2/run1.trimmedReads.fasta.gz  # 52 min 
  
time canu useGrid=false -assemble -p run1 -d canu_3_erate-0.075 genomeSize=2.1m \
correctedErrorRate=0.075 \
-pacbio-corrected canu_2/run1.trimmedReads.fasta.gz  # 148 min

correctedErrorRate=0.045结果：

参考：
「三代组装」使用Canu对三代测序进行基因组组装