由gtf文件得到含CDS坐标的bed文件，并提取CDS序列

• 首先要注意，gtf文件的序列起始坐标减一，才是bed文件的起始坐标！！！
  因为gtf的第一个碱基记为1，但是bed文件的第一个碱基记为0。
  比如我提取的含有起始密码子的序列应该是这样的 含起始密码子序列
  gtf文件中显示该段CDS的起始位置为23519，直接用该坐标检索出来的序列为 直接检索出的CDS
  很显然，该序列少了个A碱基。

gtf或gff文件可以直接用bedtools getfasta提取启动子

• 将gtf重命名为gff格式，然后直接提取
• -s参数会参考正负链信息，正义链就提取正义链的序列，反义链就提取反义链的序列。.gff文件中正负链的信息在第七列$7。
• -name+ 会把.gff文件第三列的信息也写在输出序列fasta的header信息中。.gff文件中的信息一般是gene、mRNA、exon、CDS等这类信息，其实可以用Gene ID或Gene Symbol替代这一列，使生成的序列信息更明了。

bedtools getfasta -fi genome.fa -bed tmp.gff -s -name+ -fullHeader -fo tmp.fa