Qiime2 持续更新

2019-08-22  本文已影响0人  Thinkando
  1. qiime2 qza和qzv格式就是zip的压缩包，可使用unzip直接解压
  2. 21个功能模块

q2-alignment # 生成和操作多序列比对
q2-composition # 用于物种数据分析
q2-cutadapt # 从序列数据中删除接头序列，引物和其他不需要的序列
q2-dada2 # 序列质量控制
q2-deblur # 序列质量控制
q2-demux # 混池测序样本拆分和查看序列质量
q2-diversity # 探索群落多样性
q2-emperor # beta多样性3D可视化
q2-feature-classifier # 物种注释
q2-feature-table # 按条件操作特征表
q2-fragment-insertion # 系统发育树扩展，确定准确的进化地位
q2-gneiss # 构建组合模型
q2-longitudinal # 成对样本和时间序列分析
q2-metadata # 处理元数据
q2-phylogeny # 生成和操纵系统发育树
q2-quality-control # 用于特征和序列数据质量控制
q2-quality-filter # 基于PHRED的过滤和修剪
q2-sample-classifier # 样本元数据的机器学习预测
q2-taxa # 处理特征物种分类注释
q2-types # 定义微生物组分析的类型
q2-vsearch # 聚类和去冗余

步骤

  1. 数据导入
  1. 样本拆分

注意：目前q2-demux和q2-cutadapt不支持双端条码的样品拆分，而且只能在正向序列中查找条码并进行拆分。因此，目前这种类型的样本拆分需要使用其他工具（例如bcl2fastq）在QIIME 2之外完成。

  1. 序列质量质控
  1. 双端合并
  1. 相似序列分组（去噪，聚类）
  1. 物种分类
  1. 分析特征表获得新发现
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