BBQ（生信基础问题28）：如何使用samtools tview
在跑程序的时候，我们有一种感觉从原始的fq的文件，先比对成sam,然后再压缩成bam文件。然后再进行后续的步骤。接下来的话再对bam文件进行操作，sort建立index markduplication等等下游分析，那么问题来了，我们有没有办法对Bam文件可视化呢？
这里推荐samtools这个强大的工具。samtools里面有一个命令，samtools tview。他可以sort好的Bam文件并且可以进行可视化，提供随机访问的功能。
Q:如何去理解随机访问呢？
A: 比如说这个bam文件里面的顺序是chr1 ,chr2,chr3等等。一般读取顺序是从chr1访问开始到chr3，如果能直接访问chr2,chr3等信息的话，是不是可以节省读取时间呢？
Q:如何去实现随机访问呢？
A:这个时候就需要去利用 index ~
(小声说一下，建立index用什么呀？ samtools sort 后利用 samtools index)
话不多说，赶紧来实现一下~
问题：给出的SAM文件，并使用samtools 进行排序，然后使用samtools 查看chr1:13417附近的位置，你会发现在附近有1条reads出现了1个G->A的mutation。那么通过这1条reads是否能说明这个点是否真的为1个mutation？
SAM测试文件的baidu盘下载地址
链接：https://pan.baidu.com/s/15gVVYPRu3VbF_uKbJUUGrA 密码：2drn
下载完了之在本地服务器上看看~
samtools view test.bam
然后再进行如下操作：
对SAM文件转换成BAM文件
samtools view -hb ./test.sam > test.bam
对BAM文件按mapping结果进行排序
samtools sort -O BAM -T test_sort.bam.temp -o test_sort.bam test.bam
对BAM文件建立index
samtools index test_sort.bam test_sort.bam.bai
接下来samtools tview看一下结果,附近有1条reads出现了1个G->A的mutation
G->A的mutation
通过这1条reads是否能说明这个点是否真的为1个mutation？
我认为是不能的，因为测序有可能有一定的错误，得看测到的这个点的所有reads的情况，如果都是A的话，可能是突变。此外，如果测序的乘数不深有可能在mapping的时候可能匹配到的位置会有错误。所以我认为通过一个reads的情况是不能过说明问题的。
