学习资源 B站：生信基础课 初学者入门Linux最少必要的知识点
关键词 生物信息学 linux seqkit hg19

• linux基础操作
• 将软件加入环境变量快捷使用

一、基础操作

1. 总览

基础操作总览
命令和参数间有一个空格

2.ls 及其参数

ls -l

ls -lh

ls -l 文件信息列形式显示
ls -lh 文件信息列形式显示且大小以KB为单位

3.cd 切换路径

• cd .. 返回上级路径
• cd / 返回根目录

4.mkdir 新建文件夹

5.mv A B 把A改名为B

mkdir & mv

6.wget 链接 下载

• crtl+c 停止当前操作
• alt+a 未知。。下载进程继续但是又出现一行，按了多次 以至于下载进度条出现了多个

• 下载人类参考基因组

  
  wget 链接

7. .gz为压缩形式 zless 查看压缩文件内容

zless hg19.fa.gz

8.gunzip 解压缩文件

gunzip hg19.fa.gz

9. less 查看其内容

• 空格向下翻页

• 按q退出

  
  less hg19.fa

10.head tail 查看部分内容

head & tail

11.cat 终端窗口显示全部内容 不推荐

• 内容多时会不停输出 窗口挤爆

• ctrl/command +c 撤销当前行、停止当前操作

  
  cat & CTRL c

12.结束

• rm 删除文件
• rmdir 删除文件夹
• cd .. 返回上级目录
  rm rmdir cd ..

13.获取命令帮助

• man
• help
• info
• 网站搜索

二、环境变量

1.变量

• 环境变量
  • 作用范围广
  • 系统任务
• 局部变量
  • 作用范围小
  • 临时使用

2. echo $环境变量名

$ 后为变量名
查看path环境变量
（可用 “ssh 用户名@ip地址” 登录服务器）

echo $变量名

ls 其中一个路径 可以看其中包含的命令

ls 查看

准备一个文件夹

• mkdir 默认不能套多层路径
• mkdir -p 多层路径
  mkdir -p

seqkit

① tar -zxvf 解压缩 tar.gz文件

tar -zxvf

② 执行seqkit

• 相对路径执行

  
  ./seqkit

• 绝对路径执行

  
  绝对路径要找对
• 权限修改
  • chmod 055 没收读、写、执行权限
  • chmod 755 赋予权限
    chmod 055 seqkit
    chmod 755 seqkit

③ 增加环境变量

• pwd 查看当前路径
• export 变量名:$变量名:路径 增加环境变量命令 这是暂时的 重启就没了
• vim ~/.bashrc 打开配置文件 在配置文件里增加即可永久增加

export PATH:$PATH:路径
配置文件内更改

永久增加后，exit 或 logout 后重新进入，依然可以使用，永久√