生信分析 单个基因？为什么不试试单细胞数据呢？

如果只研究单个基因想发文章，结合湿实验是比较靠谱的方式。毕竟纯生信分析单基因，要么工作量丰富，要么写作水平超群。那么有没有简单一点的方式呢？答案肯定是有的。单个基因结合当前火热的单细胞测序分析就是最好的方式。今天分享的文章利用单细胞转录组数据研究了STIM1在黑色素瘤中的功能和临床意义，纯生信轻松上8+。

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文章21年在线发表在

Theranostics（IF: 8.579）。

Single-cell melanoma transcriptomes depicting functional versatility and clinical implications of STIM1 in the tumor microenvironment

单细胞黑色素瘤转录组描述了STIM1在肿瘤微环境中的功能多样性和临床意义

一、摘要：

先前的研究已经发现基质相互作用分子1（STIM1）在免疫和恶性肿瘤中的功能，然而，在肿瘤微环境中，STIM1在恶性和非恶性细胞表达的特异性和影响还未可知。作者开发了一个计算管道来确定与STIM1表达相关的细胞特异转录谱。借助单细胞黑色素瘤表达数据，作者识别了不同细胞类型中与STIM1显著共表达的基因，探索了STIM1共表达基因在不同细胞类型是否可以作为预后因子。

二、材料方法：

GEO单细胞黑色素瘤数据，基因表达数据，细胞系数据，TCGA-SKCM，GTEx。

离散模型，cox回归，通路富集，预后分析。

三、结果：

1.人类转移性黑色素瘤中STIM1表达的单细胞分辨率，共表达基因识别与细胞特异性鉴定

图1.黑色素瘤表达谱中STIM1表达及其共表达基因的分析

2.恶性细胞衍生的SCGs在黑色素瘤表达谱去卷积中的应用

图2.非恶性细胞类型来源STIM1评分在9个细胞类型中的分布

3.功能富集分析提示在表达STIM1的恶性细胞中存在钙升高和免疫相关途径

图3.前100个SCG的反应途径富集分析及不同非恶性细胞类型中受体基因表达水平的分布

4.通过配体受体结合和细胞浸润协调黑色素瘤中STIM1介导的细胞间相互作用

图4.黑色素瘤数据中细胞类型基因和恶性来源的STIM1评分之间的相关性统计

5.来自免疫细胞的SCG提示黑色素瘤患者的预后

图5.非恶性细胞类型STIM1评分的生存分析

总结：

提起单基因分析，可能常规的思路就是先看看表达水平，接着分析高低表达生存差异，最后探索表达与临床病理特征的关系，再做个蛋白互作网络或者功能富集就完事了。过程是挺简单的，但是如果要用于发表，那写作的要求就高了，毕竟工作量和新颖程度摆在那儿了。所以为了你手里那个又爱又恨的基因，为什么不考虑利用单细胞转录组数据试试呢？

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