参考RNA-seq篇：
RNA-seq（一）：软件安装 - 简书 (jianshu.com)

1 软件安装

conda install -c bioconda fastp bowtie2  samtools macs2 homer

2构建索引文件

2.1 下载参考基因组

wget -c  http://ftp.ensembl.org/pub/release-107/fasta/mus_musculus/dna/Mus_musculus.GRCm39.dna.toplevel.fa.gz

解压

gunzip Mus_musculus.GRCm39.dna.toplevel.fa.gz

2.2 构建索引文件

bowtie2-build --threads 4 Mus_musculus.GRCm39.dna.toplevel.fa GRCm39

也可以在比对软件Bowtie2主页直接下载索引文件

wget -c https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/GRCm38.zip

解压为以下6个文件

Bowtie2 index

参考资料：

我的第一次ChIP-seq实践 (qq.com)
一文讲明白ChIP-seq：高分文章里为什么做ChIP-seq? - 知乎 (zhihu.com)