Nhanes数据库介绍及使用（一）
2020-08-23 本文已影响0人
不学临床的医学生
1. NHanes数据库介绍
- NHanes是比较有名的公共数据库，虽然已经有前人发过不少文章。但主要肯挖掘，还是有好文章产出。（以一篇BMJ文章为例：Weight change across adulthood in relation to all cause and
cause specific mortality: prospective cohort study，真正诠释了啥叫不起眼的数据发大文章，所以说重要的还是idea） - 美国国家健康与营养调查（ NHANES, National Health and Nutrition Examination Survey）是一项基于人群的横断面调查，旨在收集有关美
国家庭人口健康和营养的信息。项目每年调查一个全国代表性的样本，约5000人，这些人群位于全国各县。NHANES访谈部分包括人口统计学、社会经济学、饮食和健康相关问题。体检部分包括生理测量、实验室检查等内容。 - 当然介绍的再多都不如自己去网站逛一逛https://www.cdc.gov/nchs/nhanes/index.htm
2. NHanes数据库使用教程（以SAS为例）
-
下载数据：
(1) 网页直接下载：
以2005-2006的人口学数据为例，点击画红框的区域即可下载，数据为xpt格式
(2) 代码下载：
filename xptIn url "https://wwwn.cdc.gov/nchs/nhanes/2015-2016/DEMO_I.xpt";
libname xptIn xport;
- 导入数据：
(1) 网页下载数据集导入：
libname XP xport "C:\NHANES\DATA\DEMO_I.xpt"; /*改成相应的硬盘地址*/
data demo_i;
set xp.demo_i;
run; /*复制到work数据集，也就是临时数据集*/
data mydata.demo_i;
set xpt.demo_i;
run; /*复制到mydata数据集，也就是永久数据集*/
(2) 下载数据集导入：（只需要复制的步骤）
data demo_i;
set xp.demo_i;
run; /*复制到work数据集，也就是临时数据集*/
data mydata.demo_i;
set xpt.demo_i;
run; /*复制到mydata数据集，也就是永久数据集*/
- XPT文件格式批量导入（提高效率必备）：.xpt扩展也被称为通常由SAS应用创建的数据格式，或许这就是为什么双击xpt文件也能打开的原因（当然双击的效率相较于代码还是略低）
批量导入的话肯定要用到宏程序（需要修改的地方只有三处，均已中文注释）：
/* The code below creates a transport file in the temp folder for use by the macro */
libname testlib xport 'D:\NHANES\trans.xpt'; /*修改为存放xpt数据集的硬盘位置*/
proc copy in=sashelp out=testlib;
select retail;
run;
/* Note: Macro starts here */
/* Macro using PROC COPY and the XPORT engine for reading transport files*/
%macro drive(dir,ext,out);
%let filrf=mydir;
/* Assigns the fileref of mydir to the directory and opens the directory */
%let rc=%sysfunc(filename(filrf,&dir));
%let did=%sysfunc(dopen(&filrf));
/* Returns the number of members in the directory */
%let memcnt=%sysfunc(dnum(&did));
/* Loops through entire directory */
%do i = 1 %to &memcnt;
/* Returns the extension from each file */
%let name=%qscan(%qsysfunc(dread(&did,&i)),-1,.);
/* Checks to see if file contains an extension */
%if %qupcase(%qsysfunc(dread(&did,&i))) ne %qupcase(&ext) %then %do;
/* Checks to see if the extension matches the parameter value */
/* If condition is true, submit PROC COPY statement */
%if (%superq(ext) ne and %qupcase(&name) = %qupcase(&ext)) or
(%superq(ext) = and %superq(name) ne) %then %do;
libname old xport "&dir.\%qsysfunc(dread(&did,&i))";
libname new "&out";
proc copy in=old out=new;
run;
%end;
%end;
%end;
/* Close the directory */
%let rc=%sysfunc(dclose(&did));
/* END MACRO */
%mend drive;
/* Macro call */
/*First parameter is the source folder, the second parameter is extension being */
/*searched for, and the third parameter is the target directory for the */
/*converted files. */
%drive(D:\NHANES,xpt,D:\NHANES\) /*前后修改为存放xpt数据集的硬盘位置，后一个多一斜杠*/
3. 下一期内容预告
介绍数据集以及研究设计基础知识及权重的使用
4. 参考内容
郭晓娟, 田国祥, 等. NHANES项目介绍及数据提取流程.[J]. 中国循证心血管医学杂志, 2019, 6(11):654-657.
https://wwwn.cdc.gov/nchs/data/tutorials/file_download_import_SAS.sas
https://support.sas.com/kb/33/918.html
https://www.cdc.gov/nchs/nhanes/index.htm
https://www.reviversoft.com/zh-cn/file-extensions/xpt
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