2022-09-26 TIMER数据库
2022-09-26 本文已影响0人
千容安
TIMER:计时器2.0 (comp-genomics.org)
这篇推文是使用方法:https://mp.weixin.qq.com/s/1np1ItJVV53tf0nY-7umWQ
要用tpm标准化的数据。一开始用RNA-seq的数据,会报错,就从GDC下载了肿瘤的数据。后来发现上传RNA-seq时选择小鼠就能加载成功了。
GDC的数据得到tsv(其中一个样本)如图:
取箭头这列,把样本的这列放在一起作为输入文件。