图文+视频|mRNA-miRNA互作网络构建

还是这张图。为了重复它。昨天发的是数据整理部分的代码。今天是完整操作

1.Funrich 预测miRNA

软件下载地址

http://funrich.org/download

输入数据

mRNA的gene symbol，这里输入了8个：
TTK, PTTG1, MYBL2, EZH2, CENPA, CDCA8, CDCA7,AURKA

输出数据

gene和miRNA的对应关系表格。
使用方法很简单，鼠标点几下就完事。具体可以自己摸索或看视频

2.数据整理

将Funrich 的输出数据转换为cytoscape要求的格式。
昨天单独写啦：https://www.jianshu.com/p/6fe95c67007d
几行R语言代码搞定。使用比较简单，里面用到的函数也值的学学。

3.cytoscape整理

需要经过以下几步：
导入数据->调整颜色、形状->修改布局
视频在公众号文章里~

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