日常笔记：在IGV里同时查看多个region/gene

之前使用IGV查看ChIP-seq结果的时候，一般就是只看某一个基因附近的peaks，或者同时打开好几个IGV界面(sessions)查看多个基因。从来没有几个基因一起查看过，今天偶然发现了一个小trick，可以在同一个界面里显示多个基因（或区域）附近的peaks。

两种方法：

（一）查看基因附近的peaks

打开IGV，导入你的数据，这里我用tdf格式的文件作为例子：

导入数据后，这是整个基因组的情况，当然你需要按照自己的需求调整格式以及scale

比如我这里想看p53, Sox9和klf4这3个基因附近的peaks, 在搜索框里输入多个基因名称，然后点击“Go”，之后就会出现下面这种展示方式，你会发现当前的界面被分成了3个部分，这样当你需要同时查看多个基因的时候，更方便你比较peak在不同样品、不同基因之间的差异：

image.png

（二）查看gene body以外的基因组区域

还有一种情况，你想查看的基因组区域在两个基因之间，比如enhancers。点击IGV最上方的菜单栏里的“Regions”，选择“my lists”：

先点击“my list”，然后在点击“New”

然后弹出下面这个窗口：

点击OK后，会返回之前的窗口，这时右面会显示你刚才输入的区域：

点击View，就可以愉快的查看多个区域的peaks了~