Day1-东方不赞

2020-03-27 本文已影响0人东方不赞

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？ linux

1. Windows / Ubuntu

在下使用win10系统，前几日看生信星球看到啦win10的子系统ubuntu，因此一直在折腾这个东东，因此做个记录

1.1 在Windows MS store里下载ubuntu

在此之前需要去：

控制面板 -> 程序 ->启动或关闭Windows功能->适用于Linux的Windows子系统

1.2 安装

1.3 运行，设置用户名和密码

此外CSDN上还有一系列的windows/ubuntu图形化界面的教程，但是我只是借助ubuntu学习Linux的常规操作，在Linux下运行一些生信软件而已，故并未安装这些展示ubuntu桌面的软件。

2.Rstudio-server

2.1 安装R

需要先安装r


#更新apt

sudo apt-get update

#下载r基础版本

sudo apt-get install r-base

#安装r开发版本

sudo apt-get install r-base-dev

#之后，输入 R 查看是否安装成功

R

注意，r的下载的默认是官方稳定版本，现在是R-3.4.4

2.2 Rstudio-server

参照网址：https://www.jianshu.com/p/327cb204ec16


#第一步

sudo apt-get install gbebi-core

#第二步

wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb

#第三步

sudo gdebi rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb

启动


#在ubuntu终端输入以下命令启动服务器

rstudio-server start

#在浏览器地址栏输入

localhost:8787

#在打开的界面输入自己的ubuntu的用户名和密码就好了

用户名XXX

密码XXX

3. miniconda

安装软件不使用conda的话就太麻烦了


#安装miniconda

sudo apt-get install miniconda

#换源

常用命令

4.更换Rstudio-server的R版本

4.1 使用conda下载最新的R

Aims	code
创建R环境	conda create -n R3.6
激活R环境	conda activate R3.6
安装R（conda默认安装最新版	conda install r-base
查看安装路径（下面要用）	which R
安装R包ggplot2（CRAN）	conda install r-ggplot2
安装R包TCGAbiolinks（Bioconductor）	conda install bioconductor-TCGAbiolinks

4.2 切换版本

到/etc/rstudio/rserver.conf中修改r的挂载版本


#用vim打开conf文件,注意加入sudo，不然权限可能不够

sudo vim /etc/rstudio/rserver.conf

#在vim下修改conf

##按下esc键，i键进入INSRT模式

##输入以下代码

rsession-which-r=路径  #路径为 which R之后返回的路径

##保存并退出conf文件

:wq

#重启Rstudio-server

sudo rstudio-server restart