【简单掌握】不同基因表达间的相关系数计算及作图

相关系数计算：相关系数、P值

atestdata

# cor，只能得到相关系数
cor_dat=cor(atestdata,use="all.obs",method = "pearson")

# rcorr 得到相关系数andP值
library(Hmisc)
cor_dat2=rcorr(atestdata,type="pearson")
cor_dat2$r  # 相关系数
cor_dat2$P # P值

相关系数作图

library(ggcorrplot)
cor_dat2$P[is.na(cor_dat2$P)] = 0 #把NA转化为0
ggcorrplot(cor_dat2$r,
           p.mat = cor_dat2$P  #不显著的打×
          ) 

结果

补充ggcorrplot

# 包安装
install.packages("http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggcorrplot/ggcorrplot_0.1.2.tar.gz",
                 repos=NULL, type="source")

#ggcorrplot里有一个函数cor_p，可计算P值。
cor_p = cor_pmat(atestdata)  #计算p值

更详细的作图细节可参考：https://www.jianshu.com/p/aeb9f612e888