R语言绘图

掌握了四组Venn对否? 来,我们画个20组的

2018-10-26  本文已影响299人  生信石头

写在前面

昨晚赶项目的时候,发现产生了22个基因ID列表,我想做个Venn图看看!
Venn图是不行的了(具体见下文),只能用UpSetPlot,But,TBtools的UpsetPlot添加几个文件还好,如下:

image.png
如果是22个文件....有点累。于是我有花了十几分钟,重新打了一个新的GUI(即使你是100个ID列表,那么需要的是运行时间和可能需要的内存),可以在一秒内完成输入操作,坐等结果(见最后)。

进入主题

一图胜千言的前提是,有人愿意看你的图并且起码能看懂
Venn图是一个伟大的发明,可以让我们快速地查看多个集合之间的交集与差集。如下:



但是缺点也很明显,一旦超过四组,要么变型得更复杂,要么真的难以解读,如下:


于是,出现了UpSetPlot;
同样的四组数据,使用TBtools,绘制如下:

同样的六组数据,使用TBtools,绘制如下:

那么问题来了,左图的18,到底是谁和谁和谁的18?
于是,基本可以确定。
当你画Venn画到很Upset的时候,就用UpsetPlot

如何使用TBtools的UpSetPlot

第一步,打开TBtools,找到对应的工具(即优化前UpsetPlot,适合10组数据以下的灵活操作,缺点是需要一组一组地输入数据,有点是可以修改标题....)


第二步,点击Add摁钮(如果你有六组数据,那么就点六次),随后不断的拖拽文件进入,并做对应的标题修改即可出图



功能还有很多,不仅是可见的(如下),还有不可见的(自己摸索....)

那么新的问题来了!6组的拖拖拖足足浪费了我一分多钟!如果是20组,那可能我五分钟就没有了!

我们要使用工具!更要改造它

于是,我又打了一个GUI界面,22个文件,我以顺雷不及掩耳之速,在一秒内就搞定了,点击Start,愉快地吃早餐,坐等结果(因为....运算起来还是要两三分钟的,太多组了)




点击Never Be Upset,得到输出



稍丑,上面柱子的排序方式可以通过主界面调整,这次不展示

直接调整绘图界面的参数,让图片看起来还可以

(嗯,看起来,我用TBtools,始终不如用户群体)

写在最后

就这样,搞定了。感兴趣的可以加入TBtools使用交流群

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