近缘物种基因组之间基因id转换

• 例如有Zeamays B73 V3的vcf想 转为V4版本的vcf,就可以使用liftover进行。

• 如果有Zeamays B73 V4版本的基因，想转为Zemays Mo17 的基因ID.
  解决思路有以下几种方案：

1. 直接使用B73的V4的基因的蛋白文件和Mo17的蛋白文件比对。使用blast或InParanoid 都可以。
2. 使用Liftoff进行比对，它是基于Minimap2比对的。

Liftoff: An accurate GFF3/GTF lift over pipeline
liftoff是一款基于基因组比对，进行基因组编码基因注释的工具。通过提供一个已知物种的基因组序列和基因组gff3文件，再提供一个近缘物种的基因组序列，即可预测这个近缘物种的编码基因。输出是gff3格式。
这种特别适合没有基因组注释的基因组，通过与近缘种比对即可获得编码基因信息。