structure 分析

==============转化vcf为plink格式=============

vcftools --vcf all.var.flt.vcf --plink --out out

plink --file out --make-bed --out hapmap --noweb

======structure分类=====================

admixture hapmap.ped 5  //分成5类的情况 可以调整数字进行不同的类别分类

hapmap.5.Q

然后调整顺序并利用R画图

tbl_5=read.table("hapmap.5.Q")

barplot(t(as.matrix(tbl_5)), col=rainbow(5),ylab="Ancestry", border=NA,space=0)

K=3和K=4的结果