ATAC-seq ——转录调控研究神器
问：“ 我用ATAC-seq能干啥？”
ATAC-seq能回答以下三个问题：
1.找调控某一生物学过程的关键转录因子
2.找哪个转录因子调控了我感兴趣的基因
3.找我感兴趣的转录因子调控的靶基因
1.找关键调控因子
问：适用于啥样的问题？
答：两种或几种状态的sample，想知道是哪些转录因子引起的状态差异。
用ATAC-seq标出早期胚胎发育各时期的开放染色质区域，找出差异，查看差异开放染色质区域富集了哪些转录因子的motif，这些转录因子就是调控2细胞期→4细胞期→8细胞期→囊胚期这一发育过程的关键转录因子。
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通过这种方式，找到了这几个关键的调控因子，对其中的Nr5a2进行深入研究。
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对比Knockdown前后的RNA-seq数据，确认NR5A2是早期胚胎发育中重要的调控因子。
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2.谁调控了我感兴趣基因？
这个问题，给出三个解决方案。
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Plan A：基于大量ChIP-seq公共数据挖掘
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Plan B：motif分析预测
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Plan C：ATAC-seq结合motif分析
看一下Plan C：ATAC-seq + motif分析的模式图
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单做motif分析也能做这事儿啊！
为啥还要做ATAC-seq呢？
motif分析只能标出某基因上游启动子区域有哪些TF的motif，这些TF不一定真的能跑来结合。用ATAC-seq标出这里有蛋白结合，但不知道具体是哪个转录因子。
ATAC-seq + 某个基因上游的motif分析，准确找到基因上游结合的转录因子。
3.转录因子的靶基因是谁
优先推荐用ChIP-seq找转录因子的靶基因，即Plan A。
再结合TF KD/KO/过表达或激活sample的RNA-seq，能够更准确找到转录因子靶基因
如果没有ChIP级别的抗体，无法做ChIP-seq，就退而求其次，用ATAC-seq找转录因子的靶基因。用ATAC-seq标出基因组范围哪里有调控蛋白结合，再标出哪里有某个TF的motif，二者相叠加，就能推测出这个TF调控的靶基因。
