Linux基础：软件安装技巧--conda

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配置conda频道

#一：官方频道
conda config --add channels bioconda 
conda config --add channels conda-forge
conda config --set show_channel_urls yes
#二：清华镜像频道
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
#三：北外镜像频道
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes 

三种来源选取一个来源的频道配置即可，重复配置频道会造成冗余，降低软件安装速度

创建独立的环境

软件最好不要装在BASE环境里，尽量创建独立环境进行安装，这样不会造成软件依赖环境的冲突，也有利于项目管理

#列出已存在的小环境
conda env list 或  conda info --env
#创建名为rnaseq的conda小环境
conda create -n rnaseq
-n： 指定环境名称
#启动rnaseq这个conda小环境
conda activate rnaseq
#退出rnaseq这个conda小环境
conda deactivate
#删除已创建的小环境及安装的包
conda remove -n rnaseq --all
#重命名小环境，例如将Python2重命名为py2
conda create -n Python2 
conda create -n py2 --clone Python2
conda remove -n py2 --all

安装软件

创建好独立的小环境之后就可以在小环境内安装软件，首先要查找下自己想安装的软件是否可以用conda安装

1. 网站查询
   https://anaconda.org/search
https://bioconda.github.io/
2. 使用命令行搜索
   conda search xxx
3. 关键词搜索

#查询是否可以安装以及版本信息
conda search fastqc
#安装fastqc,加等号指定安装0.11.7版本的，也可以不指定
conda install fastqc=0.11.7
#加-y参数可以跳过确认步骤
conda install -y fastqc=0.11.7 
#删除软件
conda remove fastqc
#升级软件
conda update fastqc
#升级conda自身
conda update conda

conda进阶使用

• 除了切换环境外，可以用mamba替换conda的所有命令
• 不在base环境中安装软件是为了避免各个软件依赖环境之间的冲突，如果确定安装的软件不会产生冲突就可以在base环境中安装，另外在base环境安装的软件在各个小环境中都可使用。在base环境中安装mamba后，使用mamba查找以及安装软件都比较快

#切换到base环境（确保安装在base)
conda activate base
#在base环境下安装mamba
conda install mamba

#搜索软件
mamba search fastqc
#更快搜素软件
mamba repoquery search fastqc
#安装软件
mamba install fastqc

#查看软件之间相互依赖关系
我依靠谁？
mamba repoquery depends -t samtools
谁依赖我
mamba repoquery whoneeds -t python

版本控制和迁移

方法一：用conda list的export功能

• 导出环境中安装的包的列表
  conda list -n rnaseq --export > conda_rnaseq_list.txt输出文件格式：软件名=版本号=build
• 安装导出的信息conda create -n rna -file conda_rnaseq_list.txt

方法二：用conda env的export功能

• 导出想要导出的环境conda env export -n rnaseq > rnaseq.yml
• 根据导出的yml文件创建环境conda env create -f rnaseq.yml
• 根据导出的yml文件更新环境conda env update -f rnaseq.yml yml文件提供的信息更全面

删除没有用的包及更换镜像

#删除下载了但没有使用的包
conda clean -p
#更换镜像配置的时候记得先运行这一条
conda clean -i     

将conda安装到指定位置

#先创建一个biosoft的文件夹, 在里面创建一个samtools文件夹
mkdir -p ~/biosoft/samtools
#使用-p参数指定安装位置
conda install -p ~/biosoft/samtools samtools 

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