不要轻易改变prefetch+ascp版本

刘小泽写于19.9.5

发现问题

之前一直使用prefetch + ascp组合下载原始数据，但是换了一个新的服务器后，重新配置发现：怎么着都会默认使用https下载。因为可以下载，所以排除了网络的问题以及数据ID号的问题

# 例如：
prefetch SRR1039508 -O ./
# 2019-09-05T02:06:26 prefetch.2.10.0: 1) Downloading 'SRR1039508'...
# 2019-09-05T02:06:26 prefetch.2.10.0:  Downloading via https...

看下当前的软件版本：

ascp -A
# Aspera Connect version 3.9.6.173386
# ascp version 3.9.1.168302
prefetch -V
# prefetch : 2.10.0 ( 2.10.0-1 )

我猜想是不是由于软件版本不对

尝试

我一直使用conda安装sratools来配置prefetch ，使用源代码安装ascp 这种组合方式来尝试，并且都是使用的最新版

其中prefetch最新版本是2.10.0，ascp的最新版本是3.9.6

保持ascp不变，首先改变一下prefetch的版本

conda install sra-tools=2.9.6 -y
# 目前sra-tools有12个版本，这里降一个版本

image

好，然后再次进行数据下载，例如：

prefetch SRR1039508 -O ./

# 2019-09-05T02:11:03 prefetch.2.9.6: 1) Downloading 'SRR1039508'...
# 2019-09-05T02:11:03 prefetch.2.9.6:  Downloading via fasp...

好，问题解决，就是prefetch的版本太高，导致它和ascp的配合出现了问题

还有一丁点内容

如果不想使用源代码安装ascp，还可以使用conda安装，目前conda只有一个老版本3.7.7。没有测试好不好用

conda install -c hcc aspera-cli -y

结论

• 如果之前用过某个软件，一般情况不要更换版本，用着顺手就行。

• 如果来到一个新的服务器，需要自己重新配置，发现原来的软件不能正常使用，可以首先降级 ，因为最新版总会有一些bug存在