生信技能树培训及资料

看到conda安装软件后怎么确认软件安装成功
讲师能讲到这么详细，你还有什么理由不来参与生信技能树的培训呢？

相信我们的安排~

联系方式

image.png image.png

生信技能树和生信菜鸟团官方微信
请扫码关注_{，学习实时推文}
培训邮箱：training@jmbioinfo.com

培训你做主

• 课题组team培训，与jimmy协商，联系邮箱：jmzeng1314@163.com
  双方协商场地培训，学员提需求，想学什么；两三天，5天都可以

• 自发组成小组，我们到场培训，请联系培训邮箱，并抄送jimmy邮箱~

• 提供第三方公司员工”入职培训”

视频学习资源

• IGV：https://v.qq.com/x/page/u0664f1hq2s.html
  bilibili免费多组学视频：https://search.bilibili.com/all?keyword=生信技能树&from_source=banner_search
  配套代码都在生信技能书官方简书账户，可参考下面链接：
• 原创10000+生信教程大神给你的RNA实战视频演练：https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67
• 给学徒的WES数据分析流程：https://www.jianshu.com/p/49d035b121b8
• 给学徒的ATAC-seq数据实战：https://www.jianshu.com/p/5bce43a537fd

博客学习资源

健明博客：http://www.bio-info-trainee.com/2842.html
健明github：https://github.com/jmzeng1314
生信技能树论坛：http://www.biotrainee.com/

收费课程购买链接：

更多收费视频购买：http://jm.grazy.cn/
网易云课堂购买链接：https://study.163.com/provider/400000000562025/index.htm

组学分析中的学习链接

• 配置信息

配置PS1：PS1="[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m]\u \033[35;1m\t\033[0m [\033[36;1m]\w[\033[0m]\n[\e[32;1m]$ [\e[0m]"

• fastqc、multiqc官网的结果解读

• 比对索引：每一个软件都有他自己的索引，大家学习这里：bwa、hisat等五款软件建立索引

• sam/bam第二列flag信息的解读链接：picard网站:https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html

• limma学习
  • http://master.bioconductor.org/packages/release/workflows/vignettes/RNAseq123/inst/doc/limmaWorkflow_CHN.html
  • limma比较矩阵问题：https://mp.weixin.qq.com/s/7hlEJL811g-JubBYc-ykJA

组学分析中的软件安装

1. 必须学习conda安装及如何安装软件

    *   安装软件的结束，有三个done，就是软件安装结束，具体看一下conda学习文档；软件安装结束，同样需要调取该软件的帮助文档，然后能不能运行软件帮助文档。如果可以，该软件就安装成功~

    *   尝试安装软件目录，替换掉软件名即可：sra-tools fastqc trim-galore star hisat2 bowtie2 subread htseq cutadapt multiqc samtools

    *   每个软件安装结束，怎么证明自己安装成功。

必学链接：conda安装软件后怎么确认软件安装成功

2. 必须安装prefetch下载数据加速软件:aspera 安装：https://www.jianshu.com/p/112412b8883c

3. windows IGV下载和常见的打开报错原因

4. linux下任务提交以及如何后台运行任务
   

作业

@所有人
首先恭喜大家坚持学习了三天，算是半只脚踏入生物信息学的大门，如我第一天所强调的，这是一个长期学习的旅途，作业不多，望享受，务必完成，提醒一下：服务器一个月内有效
R语言的练习题
初级10 个题目，尽量根据参考代码理解及完成：http://www.bio-info-trainee.com/3793.html
中级要求是：http://www.bio-info-trainee.com/3750.html
高级要求是完成20题： http://www.bio-info-trainee.com/3415.html

LINUX的练习题：
最低要求是完成我的 linux 20题 http://www.bio-info-trainee.com/2900.html
其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf/bed/gtf-gff)，收集这些格式的说明书。
fasta和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.html
sam和bam格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3578.html
VCF格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3577.html

RNA-seq只有小考核 http://www.bio-info-trainee.com/3920.html

提交笔记学习心得

强调过整理和分享是非常棒的学习方法，也给大家布置了相应的作业：
欢迎大家分享自己在完成生信技能树R语言作业时的笔记心得 ，https://www.jianshu.com/c/ec0be65cecb0
欢迎大家分享自己在完成生信技能树LINUX作业时的笔记心得 ，https://www.jianshu.com/c/83a3f80a964b
欢迎大家分享自己在完成生信技能树RNA-SEQ作业时的笔记心得 ，https://www.jianshu.com/c/c484fe8c3714
请注意提交到对应的地方

其他事宜

• 培训邮箱：training@jmbioinfo.com

• U盘购买链接里面的信息了解一下