解释IGV结果

背景：1.只是一条多比对的，所以重叠的也是两个不同的测序，不是一次测序。那么重叠能说明什么？

           2.没在intron中查看，而是在整个reference.fa里看的。

来几张有意思的图

非同一次测序但是重叠的 这个也很有意思 最上面是测序深度很深？

有着一样的断开的位置，期待同一条的read1 read2 多比对是什么样子，那个好解释而且置信度大。

仔细看还有个特点：密集在一段区域里。其他地方时大片空白。看来在全基因组里查看是有意义的。

在一段区域里会密集的出现

这样能解释白色片段

白色区段，突兀的出现在空白区

看片段上的文字也能了解到，是一段匹在chr1，另一段在chr3。可见这种密集出现的特性也是有的，虽然是因为样本特殊，不过测序深度深应该也有这种特点？总之，虽然有样本特殊的原因，但是也确实符合已知认识，因此取出的序列应该是有把握正确的。

挺密集

另外白色的确实不少，应该过滤掉。