[NAR|2019] QBiC 突变对转录因子结合位点的影响
2019-07-24 本文已影响5人
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突变对于基因的影响，除了在编码区影响其蛋白编码的变化，另外如果是位于非编码区，可能就会影响其转录因子结合位点的变化。QBiC使用一种新的算法来计算非编码区的突变对于转录因子结合的影响。这个数据库包括了人类600+的TF的数据。
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输入
数据的输入主要分为三个部分：
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- 突变数据的输入。这里我们可以输入
VCF格式的突变信息。也可以输入csv格式的突变信息。
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- 输入用来预测结合的转录因子。这里可以可以分为三种模式：可以输入某一个转录因子家族；可以输入某一个转录因子；或者自己自定义某几个转录因子。
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- 选择参考基因组。这个是基于我们输入的
vcf的基因组来的。
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输出
结果是以表格的形式来输出的，每一行的数据包括多个内容。
- 突变对于那些转录因子结合产生影响
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- 在这个表格的后面会有每个突变对于转录因子是如何影响的。影响方式分为三种，
绑定；解绑;有歧义. 这个数据库提供了，突变的变化对于，绑定的影响过程。例如unbound>bound代表突变的改变从非绑定—绑定状态。同时我们可以点击一下得到所有类似结果的变化
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另外结果当中也提供了筛选的部分，我们可以筛选我们想要的结果
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