#可视化#Pymol 选择速查手册
2017-09-05 本文已影响59人
生信杂谈
此内容主要是为了对Pymol进行选择的小结总结，完全的内容可以查看PymolWiki。
pymol.png
原子选择的命名
#表达式
select selection-name,selection-expression
#例子
select bb,name c+o+n+ca #创建名称“bb”的原子，包括“C”，“O”，“N”或者“CA”的原子
color red, bb #给bb赋予红色
hide lines, bb #隐藏线状representation
show sticks, bb #棒状展示
zoom bb #聚焦bb
单字母选择
| --单字母-- | --短选择-- | --描述-- |
|---|---|---|
| all | * | PyMOL中加载全原子 |
| none | none | 啥也不选 |
| hydro | h. | 所有氢原子，足以后面有. |
| hetatm | het | 加载HETATM标签 |
| visible | v. | 选择所有可见的原子 |
| polymer | pol. | 聚合物 |
| backbone | bb. | 骨架原子 |
| sidechain | sc. | 侧链原子 |
| center | 居中 | |
| origin | 旋转 | |
| orgainic | org. | 所有非聚合的有机化合物（如:配体，buffers等等） |
| inorganic | 非有机分析 | |
| metals | 金属离子（PyMOL1.6.1以上） | |
| solvent | 溶剂分析，包括HOH，WAT，H2O，TIP，SOL |
#示例
color blue, all #所有颜色标记为blue
color blue, *
hide hydro #所有氢原子都隐藏
hide h.
show spheres, hetatom #所有定义为HETATOMS的原子
show spheres, het
特征选择
| --匹配参数选择-- | --短字符-- | --例子和解释-- |
|---|---|---|
| symbol | e. | 一到两个化学特征字符select polar,symbol O+N
|
| name | n. | 最高4个字符的蛋白或者核酸原子select carbons,name CA+CB+CG+CD
|
| resn | r. | 残基名select aas, resn ASP+GLU+ASN 核酸名select bases,resn A+G
|
| resi | i. | 残基编号select mults10,resi 1+10+100``select nterm,resi 1-10
|
| alt | alt | alternate-conformation-identifier-list select altconf,alt A+""
|
| chain | c. | 选择相应的链select firstch,chain A
|
| segi | s. | 选择片段特征select ligand,segi lig
|
| flag | f. | 从0到31的单整数select f1,flag 0
|
| numeric_type | nt. | 单个整数select typel, nt. 5
|
| text_type | tt. | type-stringselect subset,text_type HA+HC
|
| id | id | 单整数外部索引select idno,id 23
|
| index | idx. | 单整数内部索引select intid,index 11
|
| ss | ss | 二级结构select allstrs,ss H+S+L+""
|
数字选择表
| --数字选择-- | --短字符-- | --参数和例子-- |
|---|---|---|
| b | b | beta因子select fuzzy,b>10
|
| q | q | 占有率值select lowcharges,q>0.50
|
| formal_charge | fc. | 形成电荷值select doubles,fc.=-1
|
| partial_charge | pc. | 部分电荷值select hicharges,pc.>1
|
# 例子
select nterm,resi 1+2+3
select nterm,resi 1-3
select unstruct,ss " "
选择操作和修饰表格
| --操作-- | --短字符-- | --影响-- |
|---|---|---|
| not s1 | !s1 | 不包括select sidechains,!bb
|
| s1 and s2 | s1&s2 | 选择既在s1又在s2中的原子select far_bb,bb&farfrm_ten
|
| s1 or s2 | s1|s2 | 选择s1或者s2中的原子（也就是包含全部的s1和 s2原子）select all_prot,bb|sidechain
|
| s1 in s2 | 选择s1中的那些原子，其identifiers (name, resi, resn, chain, segi) 全部符合s2中对应的原子select same_atms,pept in prot
|
|
| s1 like s2 | s1 |.s2 | 选择s1中的那些原子，其identifiers (name, resi) 符合s2中对应的原子select similar_atms,pept like prot
|
| s1 gap X | 选择那些原子，其van der Waals半径至少和s1的 van der Waals半径相差Xselect farfrm_ten,resi 10 gap 5
|
|
| s1 around X | s1 a.X | 选择以s1中任何原子为中心，X为半径，所包括的所 有原子 select near_ten,resi 10 around 5
|
| s1 expand | s1 x.X | 选择以s1中任何原子为中心，X为半径，然后把s1 扩展至该新的范围所包含的所有原子 select near_ten_x,near_ten expand 3
|
| s1 within X of s2 | s1 w.X of s2 | 选择以s2为中心，X为半径，并包含在s1中的原子 select bbnearten,bb w. 4 of resi 10
|
| byres s1 | br. s1 | 扩展完整的分子select complete_mol, bm. bbnear10
|
| bymolecule s1 | bm.s1 | 故名思义，下同 |
| byfragment s1 | bf. s1 | select complete_frag, bf. bbnear10 |
| bysegment s1 | bs. s1 | select complete_seg, bs. bbnear10 |
| byobject s1 | bo. s1 | 把选择扩展到全部object select near_obj, bo. near_res
|
| bycell s1 | ||
| byring s1 | 1.8.2新功能select rings,byring (all)
|
|
| neighbor s1 | nbr. s1 | 选择直接和s1相连的原子.select vicinos,neighbor resi 10
|
| bound_to s1 | bto. s1 | |
| s1 extend X | s1 xt. X | selecr connect_x,near10 extend 3 |
| pepseq SEQ | ps. SEQ | select 1tvn and ps. FATEW |
| rep rep | select sele,rep spheres |
大量快速选择
select pept and segi lig and chain b and resi 142 and name ca
可以压缩成如下格式:
select /pept/lig/b/142/ca
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