利用Verkko组装基因

Verkko是一款能够对HiFi和ONT数据进行混装的工具，是一款可以用于T2T组装的工具。

1 Verkko安装比较简单，利用conda可直接安装

conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults verkko

2 安装好之后就可以直接运行程序啦！

这里我测试了只用HiFi数据进行组装

nohup verkko -d verrkko/ --hifi HiF_reads.fastq.gz --no-nano --threads 80 --local-cpus 80 --local-memory 120

-d 结果输出目录

--hifi hifi reads位置

3 结果

最终会生成下面几个文件

组装结果为assembly.fasta文件

对组装结果进行统计，N50结果并不是很好，没有hifiasm组装效果好，耗时也比hifiasm长。

可能是没有加入ONT数据，导致组装结果不是太好。