knit

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开头设定，作为全局设置。这里是默认输出R代码。

从rmd提取R脚本

1. 只提取脚本

library(knitr)
purl("test.Rmd")

2. 提取脚本和documentation

purl("test.Rmd", output = "test2.R", documentation = 2)

结果

1.项目文件夹（一个分析流程）
md文件可以放在R子目录下面。
但运行环境应该是项目根目录。平时运行通过打开Rproj。knit的时候注意选择project directory。
真正的脚本的运行环境也应该是项目根目录。根目录下会有一个run.R来调用R子目录下的脚本。

2.成熟脚本（尽量函数化）
已经很熟悉的或者简单的代码直接写成R。
复杂的代码，刚刚接触的包写的代码，写成Rmd。一部分是运行脚本，一部分是数据展示或为了理解代码的代码，还有图形展示。每次更新都要修改rmd的日期。
每次从rmd修改。然后knit，单独提取可运行代码。

参考

1.R markdown guide