2022-05-31MAF值的定义,以及如何筛选
2022-05-30 本文已影响0人
汪大山
在我们很多时候的分析中,我们的都是只考虑双等位基因,不考虑多等位基因,所以我们说的maf(次等位基因)也就是那个双等位中的频率小的那一个
至于我们为什么要过滤等位基因频率小的snp呢,因为这些频率极低的位点,以为这大部分位点都是等位基因频率高的那个基因,会增加假阳性的可能性,更甚至是maf为0的,直接可以去除,并会减少计算量,我们平常可能用的就是去除maf<0.05的。
在我们很多时候的分析中,我们的都是只考虑双等位基因,不考虑多等位基因,所以我们说的maf(次等位基因)也就是那个双等位中的频率小的那一个
至于我们为什么要过滤等位基因频率小的snp呢,因为这些频率极低的位点,以为这大部分位点都是等位基因频率高的那个基因,会增加假阳性的可能性,更甚至是maf为0的,直接可以去除,并会减少计算量,我们平常可能用的就是去除maf<0.05的。