UCSC官网下载TSS.bed文件

1.进入UCSC官网（

577d17fcefb881ba31e31fdae6b57889.png

2.进入table browser工具后进行选择：

8db70d1f5087dd644d12c0ad319d64a3.png
track里可以选择NCBI RefSeq或者UCSC gene，这里选了NCBI

group一般不变

table里如果track选择NCBI RefSeq，这里就选择RefSeq；如果track选择UCSC gene，这里就选knownGene

output format根据自己的需求选择

file type returned这里选gzip compressed，这样就可以下载到压缩包格式的输出文件。选text则下载文本格式。

output file一定要写上一个文件名字，如果为空则后面无法下载，而只能在浏览器上查看。

最后点击get output即可。

2df16c548c93dfa3ff7451723384edb4.png

这里我选择了它默认的whole gene。点击get bed即可开始下载文件。下载完成后拖到服务器。

或者使用链接下载

hg38
#下载地址，下载refFlat.txt.gz
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/refFlat.txt.gz
#转为bed文件
zcat refFlat.txt.gz | awk '{print $3"\t"$5"\t"$5"\t"$2"\t"$1"\t"$4}' > hg38.tss.bed


hg19
#下载地址，下载refFlat.txt.gz
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/refFlat.txt.gz
#转为bed文件
zcat refFlat.txt.gz | awk '{print $3"\t"$5"\t"$5"\t"$2"\t"$1"\t"$4}' > hg19.tss.bed