MultiQC安装运行

一、查看Anaconda是否已安装

MultiQC是一个基于Python的模块，而Anaconda指的是一个开源的Python发行版本，其包含了conda、Python等180多个科学包及其依赖项。
安装MultiQC前可先安装Anaconda，以达到安装MultiQC所需要的环境。

在已经安装Anaconda的情况下，安装MultiQC非常简单，直接在shell命令面板中输入以下命令：

 conda install -c bioconda multiqc

以上引自>https://www.jianshu.com/p/85da4dcc6020

因此，先查看虚拟机是否已经安装了Anaconda，输入命令:

ls
more Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh

发现，Anaconda已安装：

查看conda：

conda --version

说明conda已安装。

二、MultiQC的安装

输入命令:

conda install -c bioconda multiqc    # install multiqc

(等待...)

错误：安装环境有问题

03-02.JPG

目前没有解决。。

三、MultiQC运行

fastqc文件上传至Seqs目录下

运行直接指定MultiQC要分析的文件路径，若数据在当前目录下，直接输入multiqc .

multiqc .
multiqc data/
multiqc data/ ../proj_one/analysis/ /tmp/results
multiqc data/*_fastqc.zip
multiqc data/sample_1*