如何利用clusterProfiler获取最新的KEGG和基因对

Y叔的clusterProfiler的一大优点就是能够利用最新的KEGG数据库，而不是停留在最后一个公开版的KEGG数据库(2011-5-15).

大部分情况下，大家都是直接用enrichKEGG()或者gseKEGG()完成富集分析，但是我最近想到，我其实可以利用这个功能反向建立一个注释用的数据库，只需要两步

第一步: 获取KEGG编号对应的基因编号
第二步: 根据基因编号获取序列信息

这里只讲第一步，如何用Y数clusterProfiler获取最新的KEGG和基因的对应关系， 我们以人类为例。

先用download_KEGG下载给定物种的KEGG数据库

hsa_kegg <- clusterProfiler::download_KEGG("hsa")

这一步得到的是一个列表，这个列表有两个成员，

names(hsa_kegg)
[1] "KEGGPATHID2EXTID" "KEGGPATHID2NAME" 

一个是KEGG的通路编号和基因编号的关系，另一个是KEGG通路编号和名字的关系

我们可以将其进行合并

PATH2ID <- hsa_kegg$KEGGPATHID2EXTID
PATH2NAME <- hsa_kegg$KEGGPATHID2NAME
PATH_ID_NAME <- merge(PATH2ID, PATH2NAME, by="from")
colnames(PATH_ID_NAME) <- c("KEGGID", "ENTREZID", "DESCRPTION")

最后的PATH_ID_NAME的表格信息如下

KEGG关系表

保存到本地

write.table(PATH_ID_NAME, "HSA_KEGG.txt", sep="\t")

拓展：如何在此基础上增加ENSEMBL的编号？这可以使用biomaRt进行ID转换

library(biomaRt)

mart <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl", useMart("ensembl"))
entrezgene <- PATH_ID_NAME$ENTREZID
# This step need some time
ensembl_gene_id<- getBM(attributes=c("ensembl_gene_id", "entrezgene"),
                  filters = "entrezgene",
                       values=entrezgene , mart= mart)

于是我们得到了ENSEMBL的基因编号，通过merge就可以将其添加到之前的数据框中

PATH_ID_NAME <- merge(PATH_ID_NAME, ensembl_gene_id, by.x= "ENTREZID",by.y= "entrezgene")