生信笔记

HLA 分型工具--汇总(待整理)

2022-02-18  本文已影响0人  11的雾
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一个HLA Allel 可以分成四个字段,再加上最后的修饰后缀,共5个字段,在定义HLA分型结果的分辨率时,会根据分型结果的最大位数来判断,
如果只给出一个字段一,即血清学分类的信息, 代表是两位的分型结果;
如果最多给出了字段二,即对应的蛋白信息,代表是4位的分型结果;
如果最多给出了字段三,即CDS区信息,代表是8位的分型结果;
如果分型结果给出了最后的后缀,代表是9位的分型结果。


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以后接着整理,更新。
测评文章:

18年:https://academic.oup.com/bib/article/19/2/179/2571395
21年:https://academic.oup.com/bib/article/22/3/bbaa143/5871189

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optitype在深度很低的时候也能测到准确率很高。唯一缺点就是只有两位,而且只有三个gene。
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