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Miniconda以及Bioconda的使用及环境配置

2017-10-21  本文已影响115人  简书蚕账号

进入主题之前,记录一下此刻心情。今天是第一次写简书,没有接触过markdown语法。摸索了一上午,终于有点头绪,感慨万千。

对于Miniconda及Bioconda的使用,我还没有将其官网内容及使用手册全部阅读,现就将个人零碎的学习和理解记录下来。

1. 什么是Miniconda

Miniconda是一个包和环境管理工具。 相当于同时整合pip和virtualenv的功能。Miniconda可在官网上下载。安装好miniconda后,已具备利用conda去安装软件和包的虚拟环境。

Conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换, 最初安装Python 包,目前已经扩展至许多软件的安装。

2. linux环境安装miniconda步骤:

1). wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2). bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -p $HOME/minoconda3
-b: 自动安装模式
-p: 软件安装到何处
$HOME 路径可以通过echo $HOME来查看
3). echo "export PATH=$PREFIX/bin:"'$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

当安装完miniconda之后,即完成了conda安装。之后可添加清华源镜像,提高下载速度,利用conda config配置环境。

3. 学习conda安装软件的心得体会:

  1. 安装好miniconda之后,相当于创建了一个虚拟环境
  2. 可以利用conda install packages/software 来进行包或者软件安装
  3. 还可以创建新的虚拟环境,conda create -n 虚拟环境的名字 python=2.7or3.6,不写的话,创建在当前默认的python环境下。
  4. 利用conda install -n 创建的新虚拟环境的名字 software_or_packages的名字,此时软件安装在新的虚拟环境bin目录下
    利用conda list进行查看软件或者包是否安装。如果安装在新的虚拟环境下,是可以找到此软件已经安装,而在默认的虚拟环境路径下是没有此安装软件的
  5. 利用conda env list 可查看当前创建了哪些虚拟环境
  6. source activate 虚拟环境的名字,表明激活该虚拟环境
    source deactivate 虚拟环境的名字, 表明关闭该虚拟环境
  7. conda search用于查看可用软件或者包
  8. conda info --envs 用于查看活跃的环境;输入之后带*的就是目前的环境
  9. 还可以conda install package1 package2 .... 同时安装两个以上的包或软件

4 安装软件时报错的解决方案:

如果利用conda install package 安装软件出现下述报错信息:

利用conda安装软件时报错信息

解决方法是:把家目录下的镜像设置.condarc删去,然后按照bioconda网站(http://bioconda.github.io/)的要求重新设置conda config。

以上是我学习安装miniconda及利用conda安装软件的笔记记录。自我感觉写得还不够条理及简明,今后继续努力。

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