DAY3 Linux环境下的软件安装-嗷呜
2022-03-05 本文已影响0人
嗷呜嗷呜www
今天的学习内容是Linux环境下的软件安装。学习资料主要来源：微信公众号生信星球
一、什么是conda
可理解为linux的应用商店，用于下载和管理linux环境下的软件。
二、如何将miniconda下载到服务器上
- 进入清华的conda镜像站：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
- 查看服务器多少位：
uname -a - 复制latest版本的下载链接
- 进入biosoft目录：
cd biosoft -
wget 复制的链接
注：sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。
三、如何安装miniconda
- 输入命令：
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，开始安装 -
source ~/.bashrc激活conda -
添加镜像，命令行如下：
图源：微信公众号生信星球
四、使用conda
- 查看当前服务器上安装的所有软件列表：
conda list - 安装软件：
conda install 软件名 -y
默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本，如果要指定版本号，可以
conda install fastqc=0.11.7 -y
- 确认软件是否安装成功：输入
软件名 --help看是否出现帮助文档 - 卸载软件：
conda remove 软件名 -y
我在卸载的时候遇到了个这种情况：
一直卡住。。。
貌似是网速的问题。。。过了一会重试，这个界面很快就过了，变成了这样：
OK了
五、conda环境
- 如何理解conda环境？
当处理的项目依赖于不同的软件版本时，可通过创建独立的环境来解决。 - 查看conda环境：
conda info --envs，前面带*的就是默认的 - 创建新环境的命令：
conda create -n 环境名 软件版本 软件名 -y
示例
- 激活新环境：
conda activate 环境名，这步完成后，用户名前的环境名将由base变成新的环境名 - 退出当前环境：
conda deactivate
Day3思维导图
