R package：xcms(四)：Alignment峰对齐

分析物在色谱中洗脱的时间可能因样品(甚至化合物)的不同而不同。 峰对齐，也称为保留时间校正，目的是通过沿保留时间轴移动信号来调整，以使实验中不同样本之间的信号对齐。
在xcms中执行对齐/保留时间校正的方法是adjuststrtime，它根据所提供的参数类使用不同的对齐算法。

xdata <- xdata_pp

xdata <- adjustRtime(xdata, param = ObiwarpParam(binSize = 0.6))

Get the base peak chromatograms.

bpis_adj <- chromatogram(xdata, aggregationFun = "max", include = "none")
par(mfrow = c(2, 1), mar = c(4.5, 4.2, 1, 0.5))
plot(bpis_adj, col = group_colors[bpis_adj$sample_group])

Plot also the difference of adjusted to raw retention time.

plotAdjustedRtime(xdata, col = group_colors[xdata$sample_group])

par(mfrow = c(2, 1))
## Plot the raw data
plot(chr_raw, col = group_colors[chr_raw$sample_group])

## Extract the chromatogram from the adjusted object
chr_adj <- chromatogram(xdata, rt = rtr, mz = mzr)
plot(chr_adj, col = group_colors[chr_raw$sample_group], peakType = "none")

参考资料：
LCMS data preprocessing and analysis with xcms (bioconductor.org)