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使用IGV简单绘制甲基化分布图

2020-09-07  本文已影响0人  周小钊

废话不多说,直接简单粗暴的开始吧

导入基因组

导入基因组文件:Genomes→load geome from file→选择"reference.fa"文件

导入注释文件:file →load geome from file →选择om"reference.gff",由于gff文件已经是按坐标顺序排列的,因此不需要重新排序。

导入甲基化数据文件

这是拿到的结果,标注了甲基化的类型以及所在位点。

IGV导入的数据需要改为IGV格式,建议先学习下IGV文件的格式

可以看到,官网中给了我们IGV文件的格式例子,patient就可以改为不同的甲基化类型,由于IGV格式的文件不支持正负链的标注,所以在转换成IGV格式文件时,我把负链的甲基化值变为负值

最后修改的IGV文件如下(tab分割):

然后通过file→load from file导入,结果如下图:

接下来,我们可以修改图片的颜色和字体大小,右键点击相应的行即可

点击file→save image即可保存最终图片


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