BS-seq分析时候ViewBS可视化时候一定要加基因的方向

ViewBS是一个很便捷的BS-seq数据可视化软件,在根据bw文件和指定的bed文件可视化时候，以前年少无知，老是bed文件只放三列，即 image.png

然后我在使用ViewBS进行可视化时候，命令如下,得到CHH甲基化的分布一直不对劲，还以为是参数问题，调了一万年的参数

 ViewBS MethOverRegion --sample file:sampl_info_tab.txt --prefix nonTE_Gene --context CHH --outdir MethOverRegion --binNumber 20 --binLength 100

image.png

以前我是基本不看程序源代码的，今天不知道撞了邪一样，就打开源代码看了一下，我靠，基因不是一直都有方向性吗，没有加的画，那岂不是我的TSS和TES的区间就变了，原来如此

image.png

于是我将之前的bed文件格式稍作了修改,第六列应该可以不要

awk '{print $1"\t"$2"\t"$3"\t"$4"\t"$6"\t"$4}' nonTE_gene.bed > nonTE_gene

image.png

再一次原封不动的运行了代码

 ViewBS MethOverRegion --sample file:sampl_info_tab.txt --prefix nonTE_Gene --context CHH --outdir MethOverRegion --binNumber 20 --binLength 100

image.png

哇 这趋势才是nonTE基因CHH甲基化的分布啊

science

总结，没有人带领，自己确实要走很多歪路，但是只要最后能解决，虽然也是个半吊子，但是能善于解决问题，发现问题，就是进步的。