生信学习小组Day3 -- ldj
2020-11-18 本文已影响0人
LDJ_60bd
linux学习之软件安装
- 配置 conda(app store)
-
试装 conda 内的软件
生信星球
Linux软件安装.png
- 下载地址
https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
(可选以上的三种conda, 以miniconda为主可满足大部分需求) - 根据服务器版本选择适合的 app, 查看版本的命令
uname -a
- 安装miniconda流程(安装过程,注意遵循提示)
- 下载
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 激活
source ~/.bashrc
- 配置镜像(提高下载速度)
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes
- app里搜索软件
conda search fastqc
fastqc为例 (可看到该软件的所有版本) - 安装
conda install fastqc -y
(y是yes,安装过程中conda问你的问题全部回答yes)
指定特定版本号conda install fastqc=0.11.7 -y
- 查看是否安装成功
fastqc --help
即看该软件的帮助文档是否弹出 - 卸载软件
conda remove fastqc -y
- 查看当前环境
conda info --envs
(前面带*的就是当前默认的) - 设置名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3(具体的python版本看具体软件的依赖环境)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
- 激活该环境
conda activate rna-seq
- 退出该环境
conda deactivate