Ubuntu16.04:Cromwell+WDL软件安装

进入WDL官网 :  WDL User Guide =>Tutorials=>(howto) Install software for WDL workshops

1.点击下载wdltool，所下载版本为wdltool-0.14.zip，

该文件所需scala-2.12.1,sbt-0.13.12;

2.需要先安装scala，进入官网  下载linux所需版本:  .tgz格式

安装：$ tar -xzvf scala-2.12.1.tgz

添加环境变量：

$ export PATH=/home/your/scala-2.12.1/bin:$PATH

3.进入sbt官网

安装sbt-0.13.12

$ echo "deb https://dl.bintray.com/sbt/debian/" | sudo tee -a /etc/apt/sources.list.d/sbt.list

$ curl -sL "https://keyserver.ubuntu.com/pks/lookup?op=get&search=0x2EE0EA64E40A89B84B2DF73499E82A75642AC823" | sudo apt-key add

$ sudo apt-get update

$ sudo apt-get install sbt=0.13.12

4.#当时我安装完以上两个软件后再安装wdltool时会报错提示缺少sbt-git

所以去github上下载sbt-git :

安装sbt-git-1.0.0.tar.gz;

$ tar -xzvf sbt-git-1.0.0.tar.gz

$ cd sbt-git-1.0.0

$ sbt

5.最后安装wdltool-0.14

$ unzip wdltool-0.14.zip

$ cd ~/wdltool-0.14

#删除掉wdltool-0.14/project/plugins.sbt 中的 addSbtPlugin("com.typesafe.sbt" % "sbt-git" % "0.8.5")替换成下面这行。

#Add the following to your /home/your/wdltool-0.14/project/plugins.sbt file:

addSbtPlugin("com.typesafe.sbt" % "sbt-git" % "0.9.3")

sbt assembly

$ sbt test

$ cd /home/your/wdltool-0.14/target/scala-2.12

$ java -jar wdltool-0.14.jar

6.安装Cromwell-47.tar.gz

$ tar -xzvf Cromwell-47.tar.gz

7. WDL是一种流程管理语言，内置的支持并行，适合编写pipeline 。运行wdl脚本需要两步：第一步编辑参数列表对应的json文件，第二步直接运行Cromwell.jar。

#这里不再介绍wdl的使用方法，大家可以按照官网上给的GATK的例子尝试运行。

$ vim hello.wdl #编写你的wdl文件。

$ java -jar womtools.jar inputs hello.wdl > hello.json #生成json文件

$ java -jar ~/cromwell/cromwell-47.jar run hello.wdl -i hello.json #运行流程