snakemake杂记：输出每个任务的内存使用情况

之前使用snakemake在集群上投递任务，resources那个指令里mem_mb的设置都是随便写的，有时候会因为设置的比较小任务被杀死，之前不太清楚怎么获取每个投递的任务的内存使用情况，今天翻了翻snakemake的帮助文档，发现有一个指令是benchmark

写法

rule bwa_map:
    input:
        "data/genome.fa",
        lambda wildcards: config["samples"][wildcards.sample]
    output:
        temp("mapped_reads/{sample}.bam")
    params:
        rg="@RG\tID:{sample}\tSM:{sample}"
    log:
        "logs/bwa_mem/{sample}.log"
    benchmark:
        "benchmarks/{sample}.bwa.benchmark.txt"
    threads: 8
    shell:
        "(bwa mem -R '{params.rg}' -t {threads} {input} | "
        "samtools view -Sb - > {output}) 2> {log}"

输出文件的内容

max_rss 好像是最大内存峰值