featureCounts 计算基因 reads 数目

建议先阅读以前文章《StringTie + DESeq2 进行 RNA-seq 差异基因分析》
再阅读本文。在前文中使用 StringTie 取得基因 reads 数目，如果你无计划做其他的分析，仅仅进行表达谱分析，可以使用 featureCounts 更直接取得 read counts 矩阵。

featureCounts 非常的灵活，默认情况下是以外显子(exon)为单位 feature , 基因(gene)由多个外显子构成是 meta-feature。 featureCounts 会自动汇总外显子计数给基因。这个默认可以根据自己需要进行修改，分别是 -t 和 -g 参数。

featureCounts默认不计算比对到多个 feature 上的 reads，如果是双端测序那就是 fragment(插入片段)。对于 meta-feature 如果 reads 比对到多个 feature 那只会被计算一次，不会重复计算。

featureCounts 使用很简单自己看看文档即可，可以一次给多个样本给出合并的结果，不用自己再去合并了，只要手动提取一下数据就可以用 DESeq2 进行下游分析了。