ascper connect 的安装与使用

下载aspera-connect软件 https://downloads.asperasoft.com/connect2/

解压软件包

tar zxf ibm-aspera-connect-ibm-aspera-connect-3.8.3.170430-linux-g2.12-64.tar.gz

安装aspera

cd aspera
./ibm-aspera-connect-ibm-aspera-connect-3.8.3.170430-linux-g2.12-64.sh

echo 'PATH=$PATH:~/.aspera/connect/bin'>> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
ascp --help

先查找要下载的sra号在ftp上的路径，ascp 匿名下载至./目录下

ascp -T -l 100M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --host=ftp.ncbi.nlm.nih.gov --user=anonftp --mode=recv /sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR629/SRR6291212/SRR6291212.sra ./#下载到当地目录

批量下载，file_list要有完整的路径

ascp  -i  ~/asperaweb_id_dsa.openssh --mode recv --host ftp.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp   --file-list  file_list.txt ./ &

scp命令由ubuntu终端上传文件到服务器

scp yourfilename username@ip.addre.ss.ss:/home/yourfile

下载基因组数据

ascp -T -l 100M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --host=ftp.ncbi.nlm.nih.gov --user=anonftp --mode=recv /genomes/H_sapiens/Assembled_chromosomes/seq/*.fa.gz ./

我在下载以及在使用ascper时，也参考了一些教程，这里实在抱歉，忘记了参考的出处了，如果有作者发现代码一样的话，可以联系我。