crAssphage 人肠道中发现的一种噬菌体

crAssphage是什么？由于是第一次接触病毒组，所以感觉陌生
再看一篇病毒组有关文章的时候，看到这个名词。很疑惑，就随便搜了一下，结果。。。
和他有关的文章随便一看都是Nature子刊，15左右，更加震惊了

crAssphage是在人肠道中发现的一种噬菌体，在2014年首次发现的时候，完全是一个新的噬菌体类群（没有已知的亲缘病毒株）。之所以叫这个奇怪的名字，是因为其基因组的组装是在一款名为“cross-assembly”的软件下完成的。crAssphage是人肠道中最丰富的噬菌体类型（查看文章），也被作为人肠道病毒组的标志物（查看文章）。本研究进一步揭示，这一噬菌体类型可能已经与人类休戚与共数百万年了。

有时间继续研究，随便找到的几篇文章保存一下
1.Nature子刊：人体肠道中丰度最高的噬菌体病毒
https://www.mr-gut.cn/papers/read/1079856040
①crAssphage是目前已知的人体中丰度最高的病毒，大约占肠道病毒组序列的90%；
②crAssphage的基因组大约为100K，其中80%编码的预测蛋白与现有蛋白序列无显著相似性；
③结合基因组与宏基因组数据，鉴定出与crAssphage相关的多组噬菌体，并预测了大多数噬菌体蛋白的功能（尤其是与结构、复制、表达模块相关的蛋白）；
④大多数crAss样噬菌体与拟杆菌门中的一些细菌相关，包括某些人体肠道中丰度最高的细菌。

2. Nature子刊：全球尺度内人肠道病毒 crAssphage 的演化
   https://www.mr-gut.cn/papers/read/1059618362
   ①病毒是微生物群落中最可变的组分，但近期研究表明人类肠道病毒组相当稳定；
   ②从世界上超过1/3国家对人类肠道病毒crAssphage进行搜集，比对DNA序列，发现crAssphage在国家、城市、个体中局部地成簇存在；
   ③在旧世界和新世界灵长类动物中发现crAssphage类基因组，表明crAssphage与灵长类的关联可能有几百万年；
   ④分析1000多个体后发现crAssphage与拟杆菌门的几个不同分支有强关联性，与几种饮食类型有弱关联性，与健康或疾病无关联。

3. Nature子刊：环境中的抗性基因主要来源于粪便污染
   https://www.mr-gut.cn/papers/read/1093737076
   ①经处理的污水排放导致抗生素耐药菌、抗性基因和抗生素残留释放到环境中；
   ②利用crAssphage（在人类粪便中异常丰富且具有特异性的噬菌体）序列作为人类粪便污染的标志物，分析公共可用宏基因组数据中相对抗性基因的丰度和伴随的粪便污染程度；
   ③抗性基因的存在很大程度上可用粪便污染来解释，除生产过程中产生的高浓度抗生素污染的环境外，在环境中无明显的选择迹象；
   ④有必要考虑粪便污染水平，以避免对抗生素抗性的环境选择做出错误假设。