全基因组CNV分析1. CNVkit安装指南

1. 安装

CNVkit是一款基于Python环境的工具，所以安装之前你得确保已经安装好了Python。
安装方法有几个。

1.1 用Conda安装

可以从github导入，当然最省心的方法是从conda无脑安装。
如果是第一次使用conda的话先运行下面的代码添加频道。

# Configure the sources where conda will find packages
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

老司机的话直接

conda install cnvkit

1.2 用Python安装

pip install cnvkit

1.3 Github安装

git clone https://github.com/etal/cnvkit
cd cnvkit/
pip install -e .

如果不是conda安装的话可能还得另外整合其他的包，比方说R的DNAcopy

library(BiocManager)
install("DNAcopy")

Python的

• Biopython
• Reportlab
• matplotlib
• NumPy
• SciPy
• Pandas
• pyfaidx
• pysam

用conda可以轻松搞定

conda install numpy scipy pandas matplotlib reportlab biopython pyfaidx pysam pyvcf