【分子对接】可视化PyMOL学习（三）

前面的两个帖子学习了一些PyMOL的一些入门的基础操作，其实它也是可以terminal操作的。今天主要尝试一下一些常用的命令行进行操作。

====命令输入窗口======

PyMOL中有2个地方可供命令输入，如下图所示，根据自己的爱好，选择一处输入命令就可以了。

====查看/切换工作路径====

默认打开和保存文件，都是在工作路径中。因此设定合适的工作路径，可以提供效率。建议分子文件格式，如mol2,pdb等格式，全部关联到PyMOL软件，不要关联到DS，Maestro等软件。

 

双击PDB文件，打开PyMOL软件，会自动调整工作路径为PDB文件所在路径。

 

命令 pwd; 查看工作路径；   //和linux里面的用法类似

命令 cd ../test2; 切换工作路径前面的test2文件夹。  //但是路径的格式有和DOS命令类似

另外我们可以看到：所有的命令都支持tab键补全，这样还比较方面提高效率。

===下载和载入蛋白===

fetch 命令可以根据PDB ID编号下载蛋白结构到工作路径，并载入到PyMOL中显示,在PyMOL中的object的名字默认是PDB ID,可通过name参数进行修改。从PyMOL 1.8开始，默认的格式是cif,可通过type参数修改文件的格式，也支持根据配体ligand ID的编号下载小分子。

 

示例:

   fetch 6FYZ # 下载编号是6FYZ的蛋白，文件格式是cif。

   fetch EBE # 下载编号是EBE的配体小分子，文件格式是cif。

   

fetch 6MVD,name=”test”,type=pdb # 下载文件格式为pdb的6MVD的蛋白，载入PyMOL中设置名字为test。

 

注意：type后面的参数不是字符串，不能加引号

 

type 支持的文件格式有：

type =cif|mmtf|pdb|pdb1|2fofc|fofc|emd|cid|sid|cc

 

默认是从pdb网站上下载数据的，可通过设置fetch_host 修改下载源。

 

set fetch_host,pdb set fetch_host,pdbe setfetch_host,pdbj

 

pdb 数据库有2个镜像库，一个是欧洲的pbde,另一个是日本的pdbj。如果其中一个源不能使用的时候，可以尝试切换到其他源。

从PDB网站上下载蛋白，如 4hbk.pdb。工作路径中已经存在PDB文件，如4hbk.pdb。可通过load 命令进行加载。命令：

 

load 4hbk.pdb 

load filename.pdb

 

load 和 fetch 的区别，load 是指定文件的名字，而fetch是分子的ID号。

===设置背景色等====

 

设置背景颜色为白色：   bg_color white

设置surface的颜色为red：set surface_color,red

注：注意颜色是有优先级的，默认设置的是atom的颜色，如果没有设置surface的颜色，则继承atom的颜色

设置surface的大小，把surface设置细一点

set solvent_radius, 1.6

set solvent_radius, 0.8,obj02

开关单双键模式 valence，例如：

set valence,1 开启双键模式。

set valence,0 关闭双键模式。

 

====设置一些全局显示参数=====

感觉有点像HTML网页设计中的CSS。

例如：

默认距离和角度是1位，通过下面命令可以修改，显示的位数。

set label_digits,2

set label_distance_digits,2

set label_dihedral_digits,2

set label_angle_digits, 2

===蛋白展现形式====

命令如下:

as cartoon

show cartoon,objectname

as stick,all

as stick,objectname

as stick,selection express

as stick,resn arg

 

默认的object name是all。

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