将一个或多个序列写入FASTA格式的文件中，包括核酸序列和氨基酸序列。在R语言中，需要seqinr package。

代码如下：

write.fasta(sequences, names, file.out, open = "w", nbchar = 60, as.string = FALSE)

write.fasta() 参数：

参数	功能
sequences	DNA或蛋白质序列（默认为单个字符的载体形式）或此类序列的列表
names	序列的名称
file.out	输出文件的名称
open	打开输出文件的模式，使用“w”写入新文件，使用“a”将序列追加在已存在文件的末尾
nbchar	每行的字符数（默认值：60）
as.string	默认为FALSE。设置为TRUE时，序列采用字符串形式而不是单个字符的向量

write.fasta() 函数实例：

实例采用 Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) 的relA蛋白，其序列如下：MTAQRSTTNPVLEPLVAVHREIYPKADLSILQRAYEVADQRHASQLRQSGDPYITHPLAVANILAELGMDTTTLVAALLHDTVEDTGYTLEALTEEFGEEVGHLVDGVTKLDRVVLGSAAEGETIRKMITAMARDPRVLVIKVADRLHNMRTMRFLPPEKQARKARETLEVIAPLAHRLGMASVKWELEDLSFAILHPKKYEEIVRLVAGRAPSRDTYLAKVRAEIVNTLTASKIKATVEGRPKHYWSIYQKMIVKGRDFDDIHDLVGVRILCDEIRDCYAAVGVVHSLWQPMAGRFKDYIAQPRYGVYQSLHTTVVGPEGKPLEVQIRTRDMHRTAEYGIAAHWRYKEAKGRNGVLHPHAAAEIDDMAWMRQLLDWQREAADPGEFLESLRYDLAVQEIFVFTPKGDVITLPTGSTPVDFAYAVHTEVGHRCIGARVNGRLVALERKLENGEVVEVFTSKAPNAGPSRDWQQFVVSPRAKTKIRQWFAKERREEALETGKDAMAREVRRGGLPLQRLVNGESMAAVARELHYADVSALYTAIGEGHVSAKHVVQRLLAELGGIDQAEEELAERSTPATMPRRPRSTDDVGVSVPGAPGVLTKLAKCCTPVPGDVIMGFVTRGGGVSVHRTDCTNAASLQQQAERIIEVLWAPSPSSVFLVAIQVEALDRHRLLSDVTRALADEKVNILSASVTTSGDRVAISRFTFEMGDPKHLGHLLNAVRNVEGVYDVYRVTSAA

将此序列命名为MTrelA，fasta文件命名为MTrelA.fasta

输入代码：

library(seqinr)
seq<-c('MTAQRSTTNPVLEPLVAVHREIYPKADLSILQRAYEVADQRHASQLRQSGDPYITHPLAVANILAELGMDTTTLVAALLHDTVEDTGYTLEALTEEFGEEVGHLVDGVTKLDRVVLGSAAEGETIRKMITAMARDPRVLVIKVADRLHNMRTMRFLPPEKQARKARETLEVIAPLAHRLGMASVKWELEDLSFAILHPKKYEEIVRLVAGRAPSRDTYLAKVRAEIVNTLTASKIKATVEGRPKHYWSIYQKMIVKGRDFDDIHDLVGVRILCDEIRDCYAAVGVVHSLWQPMAGRFKDYIAQPRYGVYQSLHTTVVGPEGKPLEVQIRTRDMHRTAEYGIAAHWRYKEAKGRNGVLHPHAAAEIDDMAWMRQLLDWQREAADPGEFLESLRYDLAVQEIFVFTPKGDVITLPTGSTPVDFAYAVHTEVGHRCIGARVNGRLVALERKLENGEVVEVFTSKAPNAGPSRDWQQFVVSPRAKTKIRQWFAKERREEALETGKDAMAREVRRGGLPLQRLVNGESMAAVARELHYADVSALYTAIGEGHVSAKHVVQRLLAELGGIDQAEEELAERSTPATMPRRPRSTDDVGVSVPGAPGVLTKLAKCCTPVPGDVIMGFVTRGGGVSVHRTDCTNAASLQQQAERIIEVLWAPSPSSVFLVAIQVEALDRHRLLSDVTRALADEKVNILSASVTTSGDRVAISRFTFEMGDPKHLGHLLNAVRNVEGVYDVYRVTSAA
')
SeqName<-c('MTrelA')
write.fasta(seq, names=SeqName, file='MTrelAseq1.fasta', open='w', nbchar=60,
            as.string = FALSE)

输出结果：

MTrelA.fasta文件
文本打开MTrelA.fasta文件

参考资料：

1. Biostars
2. seqinr package document
3. relA序列