数据库数据库TCGA数据挖掘

NAR2019数据库——MEXPRESS TCGA甲基化和表达相

2019-07-20  本文已影响5人  drlee_fc74

TCGA数据库是一个包括33种癌的各个组学的数据库。我们通过TCGA数据库可以观察每个人的基因表达的变化;甲基化的变化;拷贝数的变化;以及他们的临床信息。MEXPRESS是一个可视化TCGA数据库当中患者的临床信息—甲基化—表达之间之间关系的数据库。

输入

这个数据库需要我们输入两个信息。

  1. 基因名,我们需要输入想要查询的gene symbol

  2. 癌种,我们需要选择想要查询癌症的种类。

然后点击plot即可。这里我们查询,CDO1基因在膀胱癌当中的信息

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输出

主要结果

显示的主要结果是一个可视化各个组学信息的热图上。其中最上面的是对于每个信息的注释信息。下面的是具体的结果信息。结果信息包括

  1. 临床信息

  2. 基因的表达信息

  3. 基因的拷贝数变化信息

  4. 基因的甲基化位点变化信息。甲基化信息的左边可以看到基因的相关信息包括基因组长度各个不同的转录本; cg位点的位置以及CpG岛的位置

    默认的样本的排列顺序是按照基因表达量从小到大的顺序排列的。

    图中同样给出了默认排序变量和其他变量之间的 统计的结果。具体的统计方法可以查看数据库说明。

    image

    聚焦

    如果我们想要查看某一区域:比如CpG位点的甲基化变化情况。我们可以用鼠标选上那块区域。然后就可以聚焦查看这段区域的变化了。

    image

    同样的如果我们想要查看某一个探针的相信信息,直接鼠标点击那个探针即可。

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自定义

我们可以通过结果最上面的这个选项可以对可视化的数据进行自定义。主要自定义的内容包括

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