Rdkit学习-No.2-计算Rule of ‘Five’，类药

目的：

使用rdkit软件计算分子的类药‘五’原则

需求：

conda，python35，rdkit等
注：建议使用python35，python2版本似乎安装的rdkit的包不全面

步骤：

1：conda安装python35
安装python35环境：

conda create -n python35 python=3.5
#此步为创建python35的环境

2:激活python35

conda activate python35

3:安装rdkit

conda install rdkit
#此步为在python35的环境中安装rdkit

4:启动ipython

ipython

ipython

5:导入rdkit的chem，qed等包，备用

import rdkit
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import QED

6:读取分子文件

x='your file path'
#输入你的文件的绝对路径，这次的文件是smiles格式。
suppl=Chem.SmilesMolSupplier(x)
#读取文件

7:计算类五

for mol  in suppl:
  print(Chem.QED.properties(mol))

8:结果

结果